iNature
2018年注定是不平常的一年，大量优秀的成果不断的涌现，值此之际，iNature对于中国学者在Nature发表的文章（生命科学领域）进行了系统的盘点，共计41篇（截至12月17日），相比于2017年，几乎是翻了1倍，是一次极大的飞跃。其中：北京大学4篇；上海药物所3篇；中科院遗传发育所、北京生命科学研究所、复旦大学、清华大学、浙江大学各2篇；中科院上海营养健康所、中科院分子生物研究所（台北）、上海生化细胞所、第二军医大学、中科院生物物理所、中科院动物研究所、同济大学、上海就交通大学、郑州大学、中国农科院作物科学研究所、中科院武汉病毒研究所、中国农业大学、中山大学、中科院地理环境所、上海植物生理生态所、上海科技大学、中科院生物古环境所、上海物理应用所、上海有机化学所、中科院广州地球化学研究所、厦门大学、北京化工大学、温州医科大学、中科院植物研究所各发表1篇。(注：排名不分先后，文章第一通讯单位优先考虑第一通讯地址）对于所有的文章，都有简短的介绍以及后面都有链接。（注：由于文章较多，如有纰漏，敬请告知，iNature会及时的纠正）
1
2018年11月，李秀敏等人在Nature期刊在线发表了题为“TIC236 links the outer andinner membrane translocons of the chloroplast”的文章。该文章提出：叶绿体蛋白质进入机制的骨架是从细菌TamB-BamA蛋白质分泌系统进化而来的（点击阅读）。
2
2018年11月28日，中国科学院生物化学与细胞生物学研究所分子生物学国家重点实验室许琛琦研究团队在Nature在线发表题为“FBXO38 mediates PD-1 ubiquitination and regulates anti-tumour immunity of T cells”的研究论文，该研究成果首次揭示了人体免疫系统“刹车”分子PD-1的降解机制，以及该机制在肿瘤免疫反应中的功能（点击阅读）。
3
2018年1月26日，曹雪涛研究组在Nature发表题为“Tet2 promotes pathogen infection-induced myelopoiesis through mRNA oxidation”的研究论文，该论文揭示了先前未知的Tet2在表观遗传转录水平的调节作用，在哺乳动物系统感染期间通过降低mRNA中的5-mC，促进成骨细胞生成。此外，胞嘧啶甲基化对双链RNA形成和mRNA中Adar1结合的抑制作用揭示了其在哺乳动物系统中的新的生理作用（点击阅读）。
4
2018年4月19日，上海药物所吴蓓丽研究组，德国雷根斯堡大学Keller研究组，莱比锡大学Beck-Sickinger研究组合作在Nature发表题为“Structural basis of ligand binding modes at the neuropeptide Y Y1 receptor”的研究论文，该论文报告分别以2.7和3.0Å分辨率结合两种选择性拮抗剂UR-MK299和BMS-193885的人Y1R的晶体结构。结合诱变研究的结构揭示了Y1R与几种结构不同的拮抗剂的结合模式以及配体选择性的决定因素。 Y1R结构和内源性激动剂NPY的分子对接，以及核磁共振，光交联和功能研究，为激动剂的结合行为提供了深入的见解，并且首次，根据上海药物所吴蓓丽等研究组的知识，确定其N端与受体相互作用。对Y1R的这些基于结构的见解，可以实现靶向NPY受体的药物发现（点击阅读）。
5
中国科学院上海药物研究所在B型G蛋白偶联受体（G protein-coupled receptor, GPCR）结构与功能研究方面取得又一项重要进展：首次测定了胰高血糖素受体（Glucagon receptor, GCGR）全长蛋白与多肽配体复合物的三维结构，揭示了该受体对细胞信号分子的特异性识别及其活化调控机制。这项成果有助于深入理解B型GPCR发挥生理效应的结构生物学基础，加快2型糖尿病治疗新药的开发。相关研究论文于北京时间2018年1月4日在国际顶级学术期刊《自然》（Nature）上发表，通讯作者为吴蓓丽研究员和赵强研究员（点击阅读）。
6
2018年3月14日，北京大学北京未来基因诊断高精尖创新中心、生命科学学院生物动态光学成像中心汤富酬研究组与中国科学院生物物理研究所王晓群研究组，携手北京大学第三医院乔杰研究组和首都医科大学附属安贞医院张军研究组联合在国际著名学术期刊Nature上在线发表了题为“A Single-cell RNA-Seq survey of the developmental landscape of the human prefrontal cortex”的文章（点击阅读）。
7
2018年11月28日，中科院生物物理所朱冰课题组题在Nature在线发表题为为“Stella safeguards the oocyte methylome by preventing de novo methylation mediated by DNMT1”的研究论文，该研究发现了卵细胞基因组DNA甲基化水平正常建立的首个保障因子Stella。Stella蛋白保护了卵细胞基因组独特的低甲基化特征，确保了母源基因在早期胚胎中的正确表达和早期胚胎的正常发育（点击阅读）。
8
2018年11月20日，中科院上海生科院潘巍峻研究组在Nature在线发表题为“VCAM-1+ macrophages guide the homing of HSPCs to a vascular niche”的研究论文，该论文使用先进的实时成像和细胞标记系统，对斑马鱼尾部造血组织（相当于哺乳动物的胎肝）中的HSPC归巢进行高分辨率分析，并揭示血管结构在调节中的作用。 该研究提供了对HSPC归巢机制的见解，并揭示了具有巡逻行为的VCAM-1 +巨噬细胞群在HSPC保留中的重要作用（点击阅读）。
9
2018年11月13日，北京大学毛有东研究组在Nature在线发表题为“Cryo-EM structures and dynamics of substrate-engaged human 26S proteasome”的研究论文，该论文揭示了呈现了底物参与的人类蛋白酶体的冷冻-EM结构，其在多泛素化蛋白质的分解过程中被捕获七个构象状态下，分辨率为2.8-3.6Å。这些结构可视化从泛素识别到底物易位的动态底物 - 蛋白酶体相互作用的连续体，在此期间ATP水解依次通过所有六种ATP酶（点击阅读）。
10
2018年5月16日，北京大学刘颖研究组在Nature在线发表题为“KLHL22 activates amino-acid-dependent mTORC1 signalling to promote tumorigenesis and ageing”的研究论文，该论文揭示了KLHL22促进秀丽隐杆线虫中的衰老和小鼠中的肿瘤生长，增加了该调节的生理学意义。 引人注目的是，来自乳腺癌患者的肿瘤样本均具有升高的KLHL22蛋白水平，这与DEPDC5水平的降低相关。 抑制DEPDC5上KLHL22活性的小分子可作为治疗乳腺癌和年龄相关疾病的药物开发（点击阅读）。
11
中国科学院动物研究所胡宝洋，中科院生物物理所刘光慧，中科院动物研究所李伟等团队合作发表题为“SIRT6 deficiency results in developmental retardation in cynomolgus monkeys”，研究结果表明，SIRT6参与调节非人类灵长类动物的发育，并可能为人类围产期致死综合症提供机制洞察力。（点击阅读）。
12
2018年10月25日，同济大学戈宝学、毛志勇课题组等人合作在Nature上在线发表了题为“Nuclear cGAS suppresses DNA repair and promotes tumorigenesis”的文章。该研究揭示核cGAS抑制同源重组介导的修复，促进肿瘤生长，因此cGAS是癌症预防和治疗的潜在靶点（点击阅读）。
13
2018年10月17日，德克萨斯西南医学中心的Zhang Chengcheng等研究人员联合上海交通大学郑俊克在Nature在线发表题为“LILRB4 signalling in leukaemia cells mediates T cell suppression and tumour infiltration”的研究论文，该论文使用小鼠模型和人类细胞显示LILRB4，一种基于免疫受体酪氨酸的抑制基序的受体和单核细胞白血病的标志物，支持肿瘤细胞浸润到组织中，并通过涉及急性髓性白血病（AML）细胞中的SHP-2，uPAR和ARG1APOE，LILRB4的信号通路抑制T细胞活性。最后，该研究揭示了LILRB4代表了治疗单核细胞AML的一个引人注目的靶标（点击阅读）。
14
2018年8月29日， 中山大学李旭日课题组与比利时鲁汶大学的研究人员们合作在Nature上在线发表了题为“Role of glutamine synthetase in angiogenesis beyond glutamine synthesis”的研究论文。该结果表明，除了已知的谷氨酰胺的形成外，谷氨酰胺合成酶通过RHOJ棕榈酰化在血管生成过程中显示出未知的内皮细胞迁移活性（点击阅读）。
15
2018年2月21日，中科院地理科学与资源环境研究所郭大立、马泽清、徐兴良研究团队在Nature在线发表了题为"Evolutionary history resolves global organization of root functional traits"的研究论文，该论文前后通过14年的努力，构建了全球369个物种的根系属性数据库，系统揭示了植物吸收根功能属性的大尺度生物地理格局，首次阐明了植物根系进化的组织关系（点击阅读）。
16
2018年8月2日，中科院上海植物生理生态研究所覃重军，植物生理生态研究所薛小莉，植物生理生态研究所赵国屏及上海生化细胞所周金秋合作在Nature在线发表题为“Creating a functional single-chromosome yeast”的研究论文，该论文通过连续的端对端染色体融合和着丝粒缺失，从含有16个线性染色体的酿酒酵母单倍体细胞中创造了功能性单染色体酵母。 巨大的单一染色体可以支持细胞生命，尽管这种菌株在整个环境，竞争力，配子生产和生存能力方面表现出减少的增长。 这项合成生物学研究展示了一种探索真核生物进化的染色体结构和功能的方法。另外，Boeke研究组发表了类似的研究成果（点击阅读）。
17
2018年8月16日，英国《自然》杂志将以研究长文形式在线发表了中国科学院遗传与发育生物学研究所傅向东研究组关于赤霉素信号传导途径调控植物氮肥高效利用的最新研究进展。该项成果进一步深入了我们对于植物生长与代谢协同调控机制的认识，从而找到了一条在保证粮食总产量不断提高的同时，提高了氮肥利用效率，降低了生产投入成本，减少了对环境造成的污染的可持续发展农业新途径（点击阅读）。
18
2018年8月23日，上海科技大学青年千人徐菲课题组发表题为“Crystal structure of the Frizzled 4 receptor in a ligand-free state”，该研究提出了在没有结合配体的情况下人Frizzled 4受体（FZD4）跨膜结构域的原子分辨率结构。该结构揭示了一种不寻常的跨膜结构，其中螺旋VI短且紧密堆积，并且与迄今报道的所有其他GPCR结构不同（点击阅读）。
19
2018年8月23日，中国科学院生命与古环境卓越中心等研究人员发表题为“A Triassic stem turtle with an edentulous beak”，该研究描述了一个来自中国的三叠纪龟，它具有衍生特征和拟态特征的混合物。 据研究人员所知，它代表了最早的已知干龟，有无牙喙和坚硬的耻骨组织板。 这种新形式的发现揭示了海龟的复杂早期历史。（点击阅读）。
20
2018年8月16日，北京生命科学研究所邵峰研究组发表题为“Alpha-kinase 1 is a cytosolic innate immune receptor for bacterial ADP-heptose”的研究论文，该论文揭示α-激酶1是细菌ADP-庚糖的细胞溶质先天免疫受体；通过宿主腺苷酰转移酶将HBP转化为ADP-庚糖7-P，其可以比ADP-Hep更小程度地激活ALPK1。 ADP-Hep（但不是HBP）单独或在细菌感染期间诱导小鼠的Alpk1依赖性炎症。研究结果分别将ALPK1和ADP-Hep鉴定为模式识别受体和有效的免疫调节剂（点击阅读）。
21
2018年7月19号，复旦大学石雨江研究组在Nature上在线发表了题为“Glucose-regulated phosphorylation of TET2 by AMPK reveals a pathway linking diabetes to cancer”的研究论，表明持续的高血糖使肿瘤抑制因子TET2不稳定并且使5hmC的水平失调。另外描述了环境 - 表观基因组信号通路，葡萄糖-AMPK-TET2-5hmC轴，它将细胞外葡萄糖水平与5hmC的动态调节联系起来，并最终将糖尿病与癌症联系起来；最后该研究提出了一个新的模型，用于描述有害环境如何直接将表观基因组重新编程为致癌状态，为癌症预防和治疗提供潜在的策略（点击阅读）。
22
2018年7月16号，中科院上海物理应用研究所樊春海课题组和亚利桑那州立大学颜颢课题组等人合作再Nature在线发表了题为“Complex silica composite nanomaterials templated with DNA origami”的文章。研究人员使用用于生产二氧化硅纳米结构的Stöber方法使得矿物前体分子不直接沉积而是首先形成簇时，很容易获得能够忠实地复制宽范围的不同DNA定向支架的复杂几何信息的DNA-二氧化硅杂化材料。研究还表明，在用无定形二氧化硅层涂覆后，其厚度可以通过调节生长时间来调节，混合结构可以比DNA模板高10倍，同时保持柔性。这些发现确立了制备仿生二氧化硅纳米结构的一般方法（点击阅读）。
23
2018年7月12日，中国科学院上海有机化学研究所周佳海研究组与加州大学洛杉矶分校Steven E. Jacobsen研究组及Yi Tang研究组合作发表题为“Resistance-gene-directed discovery of a natural-product herbicide with a new mode of action”的研究论文，该论文提出了一种强效除草剂的发现和验证，该除草剂针对植物存活所需的关键代谢酶，该方法基于天然产物生物合成基因簇中的自身抗性基因的共聚类，其提供了对编码化合物的潜在生物活性的深入了解（点击阅读）。
24
2018年7月12日朱照宇等研究组发表题为“Hominin occupation of the Chinese Loess Plateau since about 2.1 million years ago”的研究论文，该论文在中国发现了大约210万年前的石器,显示出比之前人们在非洲以外的人类存在更早的时间框架，这使得有必要重新考虑旧世界早期人类初始分散的时间，另外Nature对于该研究高度赞赏，谈到“这一证据推迟了非洲以外最早确定的人类物种迹象”（点击阅读）。
25
2018年7月12日，清华大学王佳伟等研究组发表题为“X-ray and cryo-EM structures of the mitochondrial calcium uniporter”的研究论文，该研究工作为PTCH1识别HH（HH-N）的N末端结构域提供了原子见解，为HH-N与各种受体的协同结合提供了结构基础，并作为HH-N与各种受体的协同结合提供了结构基础，并作为HH信号传导的分子框架及其在疾病中的变化提供了参考（点击阅读）。
26
2018年7月4号，北京大学生命科学学院、北京大学-清华大学生命科学联合中心高宁研究组与香港科技大学的戴碧瓘研究组合作，在《自然》（Nature）杂志以长文形式发表了题为“Structure of the origin recognition complex bound to DNA replication origin”的研究论文，报道了结合有复制起点DNA（ARS305）的酿酒酵母起点识别复合物（ORC）3-Å分辨率的冷冻电镜结构。此高分辨率结构不仅为理解酵母ORC如何识别和结合序列特异性的DNA复制起点提供了分子基础，同时也阐明了ORC如何通过弯曲DNA来进一步加载DNA复制解旋酶MCM2-7的分子过程（点击阅读）。
27
2018年6月22号，中国科学院上海药物研究所徐华强等团队发表的题为“Cryo-EM structure of human rhodopsin bound to an inhibitory G protein”的研究论文，该论文获得了视紫红质和Gi蛋白复合物的近原子分辨率冷冻电镜结构。该结构首次展示了GPCR与Gi蛋白相互作用界面的结构细节，完善了人们对GPCR-Gi下游转导选择性分子机制的理解，也为设计高效低毒的GPCR靶向药物提供了结构生物学基础（点击阅读）。
28
2018年6月14日，清华大学/NIBS/筑波大学/德克萨斯大学西南医学中心刘清华研究组联合众多机构在Nature在线发表题为“Quantitative phosphoproteomic analysis of the molecular substrates of sleep need”的研究论文，该论文揭示了SNIPPs磷酸化积累和消耗与睡眠需求有关，因此SNIPP磷酸化是睡眠需要的分子标记。而醒来通过加强突触来编码记忆，睡眠巩固记忆并通过全面降低兴奋性突触来恢复突触内稳态。因此，SNIPP的磷酸化 - 去磷酸化循环可以代表突触平衡和睡眠 - 觉醒稳态两者的主要调节机制（点击阅读）。
28
2018年6月14日，清华大学/NIBS/筑波大学/德克萨斯大学西南医学中心刘清华研究组联合众多机构在Nature在线发表题为“Quantitative phosphoproteomic analysis of the molecular substrates of sleep need”的研究论文，该论文揭示了SNIPPs磷酸化积累和消耗与睡眠需求有关，因此SNIPP磷酸化是睡眠需要的分子标记。而醒来通过加强突触来编码记忆，睡眠巩固记忆并通过全面降低兴奋性突触来恢复突触内稳态。因此，SNIPP的磷酸化 - 去磷酸化循环可以代表突触平衡和睡眠 - 觉醒稳态两者的主要调节机制（点击阅读）。
29
2018年5月24日，北京化工大学生命科学与技术学院冯越研究组在Nature发表题为“Structural basis of ubiquitin modification by the Legionella effector SdeA”的研究论文，该揭示了SdeA介导的Ub修饰的机制，并为进一步研究磷酸核糖连接的泛素化过程提供了框架（点击阅读）。
30、31
2月15日，浙江大学胡海岚等研究组在Nature发表了2篇背靠背地研究论文，题目分别为“Astroglial Kir4.1 in the lateral habenula drives neuronal bursts in depression”及“Ketamine blocks bursting in the lateral habenula to rapidly relieve depression”，这俩篇研究论文揭示了在大脑外侧缰核中的神经元活动，由星形胶质细胞调节，促使啮齿类动物出现抑郁样行为：推进了人类对于抑郁症发病机制的进一步深入理解，同时这一发现可能有助于我们进一步开发新的抑郁药物。基于这一重大发现，Nature进行了专门的评论报道（点击阅读）。
32
温州医科大学李校堃教授团队与美国纽约大学医学中心研究人员解析出一种被称作α-Klotho的蛋白的分子结构，以及如何协助传递一种延缓衰老的激素信号。1月17日，该研究结果发表在国际顶级综合性学术期刊《Nature》（影响因子40）。温州医学院陈高帜博士为该论文第一作者，梁广教授和硕士生付丽丽为署名作者，李校堃教授和纽约大学MoosaMohammadi教授为共同通讯作者，药学院为论文第一完成单位（点击阅读）。
33
2018年2月2日，陈之端团队与国内外团队合作，通过比较4个叶绿体基因和1个线粒体基因的序列差异，重建了中国被子植物的系统发育树。研究人员发现，从时间上看，中国约66%的被子植物属是在2300万年前的中新世以后出现的；在过去的3000万年中，草本植物比木本植物经历了更加快速的分化。从空间上看，中国东西部植物分化格局存在显著差异（点击阅读）。
34
2018年4月26 日，国际顶级期刊《自然》杂志长文发表由中国农业科学院作物科学研究所牵头，联合国际水稻研究所、上海交通大学、华大基因、深圳农业基因组研究所、安徽农业大学、美国亚利桑那大学等16家单位共同完成的“3010份亚洲栽培稻基因组研究”。该研究针对水稻起源、分类和驯化规律进行了深入探讨，揭示了亚洲栽培稻的起源和群体基因组变异结构，剖析了水稻核心种质资源的基因组遗传多样性。这一重大成果将推动水稻规模化基因发掘和水稻复杂性状分子改良，提升全球水稻基因组研究和分子育种水平，加快优质、广适、绿色、高产水稻新品种培育。该研究是国内外水稻研究专家大协作的重大成果，体现了中国农业科学在水稻基因组研究方面居于世界领先位置，并扩大了我国水稻功能基因组研究国际领先优势。在扩大开放的大背景下，重大数据共享和重大项目合作，为我国乃至全球农业研究水平带来更大的飞跃。（点击阅读）。
35
2018年5月10日，中科院遗传发育所梁承志、王道文、张爱民、凌宏清等合作在Nature杂志上发表了题为“Genome sequence of the progenitor of wheat A subgenome Triticum urartu”的研究论文，该项研究完成了小麦A基因组的测序和染色体精细图谱的绘制，全面揭示了小麦A基因组的结构和表达特征，乌拉尔图小麦基因组为研究小麦和相关草的遗传变异提供了宝贵资源，并有望促进发现可用于小麦改良的基因（点击阅读）。
36
2018年5月2日，郑州大学孙莹璞研究组，清华大学那洁研究组及清华大学颉伟研究组合作在Nature发表题为”Chromatin analysis in human early development reveals epigenetic transition during ZGA“的研究论文，该论文揭示了哺乳动物ZGA染色质转换的保守原理，而且有助于提高我们对人类早期发育和体外受精过程中表观遗传重编程的理解。该研究不仅展现了人类胚胎中动态染色质景观的全局观点，而且还揭示了ZGA中可能在人类和小鼠之间保守的表观基因组转换（点击阅读）。
37
2018年3月8日，复旦大学脑科学研究院杨振刚实验室，UCSF的Arturo Alvaez Buylla实验室、和西班牙巴伦西亚大学Jose Manuel Garcia-Verdugo实验室合作在Nature发表题为“Human hippocampal neurogenesis drops sharply in children to undetectable levels in adults”，该论文推翻了过去一直认为的人的成年海马神经元可以再生的观点。由于这是一篇否定的论文，同时意义非常重大（注定着会有极大的争议），Nature同时进行了详细的报道（点击阅读）。
38
中国科学院武汉病毒研究所联合军事科学院军事医学研究院微生物流行病研究所、华南农业大学、新加坡DUKE-NUS新发传染病研究所和美国生态联盟（Ecoheath Alliance）合作发表题为“Fatal Swine Acute Diarrhea Syndrome Caused by an HKU2-related Coronavirus of Bat Origin”的研究论文，该论文确定了2016-2017年造成广东仔猪场发生仔猪急性致死性腹泻的病原为一种蝙蝠来源的新型冠状病毒（点击阅读）。
39
中国疾病预防控制中心（CDC）传染病预防控制所张永振研究员（目前兼任复旦大学附属上海市公共卫生临床中心/生物医学研究院教授）发表题为“The evolutionary history of vertebrate RNA viruses”的研究论文，该研究论文在多种物种中筛选了RNA病毒，这些物种涵盖了脊椎动物的大部分系统发育多样性，包括病毒仅很少记录在其中的那些基础脊椎动物谱系，该论文揭示了脊椎动物RNA病毒的进化历史（点击阅读）。
40
2018年1月22日，《自然》期刊以长文形式在线发表了清华大学肖百龙与李雪明课题组题为《Piezo1离子通道的结构与机械门控机制》(Structure and Mechanogating Mechanism of the Piezo1 Channel)的研究论文，他们解析了哺乳动物机械门控Piezo1离子通道的高分辨率三维结构，揭示了其参与机械力感受与传递的关键功能位点，进而首次提出了Piezo通道以类似杠杆原理进行机械门控的精巧工作机制。该研究对理解生物机体如何将机械力刺激转化为电化学信号这一基本生命过程具有重要意义（点击阅读）。
41
2018年3月8日，中国农业大学张福锁院士等研究组在Nature发表了题为“Pursuing sustainable productivity with millions of smallholder farmers”的研究论文。该研究表明在过去十年里，与全国2090万农户一起应用优化的管理技术获得了更高的作物产量，同时也减少了农业生产对环境造成的污染。另外，Nature进行了专门的点评（点击阅读）。
—END—
内容为【iNature】公众号原创，欢迎转载
白名单回复后台「转载」
